La notion de Protection de la nature était mentionné dans les attributions du ministre délégué auprès du premier Ministre chargé de la protection de la nature et de l’environnement :"..le ministre [...] a pour mission d’assurer la protection des sites et paysages.." (décret n°71-94 du 2 février 1971).

Une direction de la protection de la nature, créée en 1975 jusqu’en 1992, était composée d’un service de la chasse et de la faune sauvage, d’un service de la pêche et de l’hydrobiologie et d’un service des espaces naturels.

A partir de 1993, la direction de la protection de la nature devient la direction de la nature et des paysages. Elle était composée de 3 sous-directions : aménagement du paysage, chasse, faune, flore et espaces naturels

En 1998, la sous-direction Aménagement du paysage est devenue sites et paysages. La Chasse, faune, flore est devenue Chasse, faune, flore sauvages. La sous-direction de l’évaluation environnementale et de l’aménagement durable est créée. La sous-direction espaces naturels a été maintenue.

En 2000, l’organigramme est maintenue, seule la sous-direction de l’évaluation environnementale et de l’aménagement durable disparaît.

En 2008 : la direction générale de l’aménagement, du logement et de la nature hérite des attributions des anciennes directions de la nature et des paysages et de l’eau du ministère de l’écologie et celles concernant l’habitat et l’urbanisme du ministère de l’équipement.
Elle est composée d’une direction de l’habitat, de l’urbanisme et des paysages, d’une direction de l’eau et de la biodiversité et d’un service des affaires générales et de la performance.